Das Klima in dieser Gegend ist mitunter ziemlich rau. Nicht umsonst heißt eine alte Waldviertler Bauernregel: "Acht Monate Winter und vier Monate kalt." Die klimatischen Verhältnisse sind im Waldviertel oft auf kürzeste Distanz sehr verschieden, was durch die geographische Lage, das hügelige Landschaftsprofil und die daraus resultierenden unterschiedlichen Seehöhen stark beeinflusst wird. Klimatisch ebenfalls große Bedeutung haben der beinahe ständig zumindest leicht wehende Wind und im Sommer die hohe Wärmegewittertätigkeit. Im Gegensatz zu anderen Gebieten Österreichs, wie zum Beispiel dem südlichen Burgenland, gibt es nur wenige ausgiebige Sonnentage im südlichen Waldviertel, und auch die Vegetationsperiode ist hier verhältnismäßig kurz.
Prinzipiell ist das Waldviertel eine niederschlagsbegünstigte Region, da der Rücken des Ostrongs als "Regenfänger" fungiert, doch in den vergangenen Jahren mussten die Landwirte bereits mehrmals mit Trockenperioden fertigwerden. Die verursachten Schäden sind oft enorm, und viele der Betroffenen sind dazu gezwungen, ihre Brunnen aufgrund des sinkenden Grundwasserspiegels nachgraben zu lassen. Zuletzt waren die Bauern der Gemeinde St.Oswald im Jahr 1994 vom lang andauernden Wassermangel betroffen - so betrug die Gesamtniederschlagsmenge von Juni bis November 357 Liter pro m², im gleichen Zeitraum 2000 waren es 550 Liter pro m².
Die Vegetationsperiode schwankt regional zwischen 223 Tagen im Jahr im Donautal und 189 Tagen in 900m Seehöhe. Auch der Vorfrühling mit Baumblüte und Laubentfaltung kann im Donautal um mehrere Wochen früher einsetzen. Im Winter ist die Nebelverteilung auffallend, wobei die mittleren Lagen, wie Nöchling, St.Oswald oder das Yspertal oft begünstigt sind. Hier gibt es viele Sonnentage auch dann, wenn in den Donauniederungen Nebel liegt. Darüber, an den Höhenrücken über 700-800 m oder am Hochplateau des Waldviertels, kann andererseits der Nebel "hängen bleiben". Die Reifbildung, aber auch die Wirkung von Luftschadstoffen wird dadurch verstärkt, da diese in den Nebeltröpfchen gelöst werden und so Säuren bilden.