So vielversprechend das 23. Jahrhundert unserer Zeitrechnung auch begann, so düster sollte es enden. Am Anfang des Jahrhunderts wuchs die Hoffnung, die Menschheit könne endlich in Frieden leben. Der Verstand begann seinen Siegeszug über die Gewalt und die Errungenschaften der Wissenschaft waren revolutionär. Während Lebenserwartung und -standard auf der Erde immer weiter stiegen, bahnte sich die Katastrophe an.
Die Menschheit wusste zu diesem Zeitpunkt noch nicht von anderem Leben in der Galaxie, auch wenn sich die Anzeichen, je besser die Technik wurde, stetig mehrten. Aber als die Menschen in der zweiten Hälfte des 23. Jahrhunderts die Grenzen den Sonnensystems hinter sich ließen und anfingen, die Galaxie zu erkunden, stießen sie auf eine andere Rasse, die Janitz. Beim ersten Kontak h

ielten sich die Fremdlinge noch zurück und verschwanden schnell, ohne ein Lebenszeichen von sich gegeben zu haben, beim zweiten griffen sie ohne jede Vorwarnung an. Menschliche Beobachtungsposten am Rande des Sonnensystems meldeten kurz darauf eine große Anzahl an Janitz-Schiffen, die sich zügig auf die Erde zu bewegten. Sie bombardierten die menschlichen Außenposten auf Neptun und Uranus und vernichteten sie vollständig. Die terranischen Raumstreitkräfte, zu dieser Zeit noch im Aufbau befanden und sowieso mehr als Polizei denn als Armee gedacht waren, sammelten sich zu einer Entscheidungsschlacht auf dem bereits relativ dicht besiedelten Mars. Als es zum Gefecht kam, erwiesen sich die Janitz als weit überlege Gegner und trotz einer geschickten Gefechtsführung und Unterstützungsfeuer vom Mars waren die Menschen chancenlos. Die nur wenige Tausend Mann umfassende Terranische Raumflotte ging sang- und klanglos unter. Der Endkampf auf der Erde dauerte nur wenige Wochen, dann waren die menschlichen Bodentruppen geschlagen. Die Janitz versklavten die Erdbevölkerung und begann damit, die Erde und die anderen Planeten des Sonnenstystems auszubeuten.

Zählte die Menscheit im Jahr der Niederlage 2256 noch 11.000.000.000, so waren es nach fast 100 Jahren Sklavendasein 2351 nur noch knapp die Hälfte. Aber in all der Zeit erlosch der Widerstandswille der Menschen nicht. Sie oganisierten sich in Widerstandsbewegungen, die sich aber, da sie ihre augenblickliche aussichtslose Lage erkannten, ausschließlich auf das Sammeln von Informationen beschränkten. Sie erfuhren, dass die Janitz eine extrem kriegerische, brutale und machthungrige Rasse waren, die bereits hunderte von Planeten unterjocht hatten und sie zum Erhalt ihres Imperiums ausbeuteten.

Jetzt, am Ende des Jahres 2351, sind die Führer der noch geheimen und inaktiven Widerstandsbewegungen in heller Aufruhr. Ein bisher unbekannter Planet, viele Lichtjahre von der Erde entfernt, hat auf versteckten Wegen Kontakt mit den Menschen aufgenommen. Sie standen, genau wie so viele andere, unter der Gewaltherrschaft der Janitz. Der Inhalt der Nachricht besagte, dass dutzende der von den Janitz eroberten und besetzten Planeten eine Rebellion planten, in der auch der Menschheit ein wichtiger Platz zukommen sollte. Als der Aufstand ein Jahr später begann, kämpfte die gebeutelte Menschheit als einer der fanatischsten und entschlossensten Gegner der Janitz und vertrieben diese innerhalb weniger Wochen von der Erde. Dieser Erfolg hin nicht zuletzt auch damit zusammen, dass die Erde vergleichsweise weit abgelegen von den Nachschublagern der Janitz lag und diese sich so zuerst um die anderen Aufständigen kümmerten. Trotzdem stand die Rebellion zu diesem Zeitpunkt unter keinem guten Stern. Als allerdings der Erfolg des terranischen Widerstandes in der Galaxie bekannt wurde, schlossen sich auch bisher neutrale Systeme dem schon fast zerschlagenenen Aufstand an und er flammte neu auf. Mit vereinten Kräften gelang es, die Janitz bis auf ihren Heimatplaneten zurück zu drängen und hier in der brühmten Schlacht von Janitz, der zu einem wesentlichen Teil ein Erfolg der neuen Terranischen Raumstreitkräfte war, vernichtend zu schlagen. Die Janitz verschwanden aus dem Universum, das sich fortan zur Allianz der Systeme, kurz AdS, zusammenschloss, dessen Hauptquartiere auf den drei wichtigsten Planeten des Befreiungskampfes gegründet wurden: Aqualin, eine Wasserwelt, die einst als eine der ersten unterworfen wurde, aber auch als eine der ersten mit dem Widerstand begann, Kalaykum, ein großer, dicht besiedelter Planet, von der aus die meisten Freiheitskämpfer aufbrachen und letztendlich die Erde, wo sich die große Wende ereignete.

Fast 100 Jahre später lebte die Galaxie in Frieden und Wohlstand und erholte sich schnell von den Folgen der Unterdrückung durch die Janitz. Aber erneutes Unheil bahnte sich an. Als die AdS einen neuen Außenposten auf einem abgelegenen Planeten errichten wollte, brach nach kurzer Zeit der Kontakt ab. Ein dorthin entsandtes Schiff verschwand ebenfalls nach kurzer Zet spurlos, ohne die geheimnisvollen Vorkommnisse erklären zu können. Die AdS organisierte daraufhin eine größere Expeditionsstreitmacht, die das Verschwinden des Schiffes und der Kolonie aufklären sollte. Das ganze wurde geheim gehalten, um Panik und Unruhe zu vermeiden.

Zu dieser Zeit musste sich Anton Clausen, ein ehemaliger Elitesoldat der AdS, vor einem Kriegsgericht ganz in der Nähe dieser Vorkommnisse verantworten, als mitten während der Verhandlung der Alarm losging. In der Basis brach ein Chaos aus und das Personal rannte hektisch herum.
Hier beginnt das eigentliche Spiel. Der Spieler schlüpft in die Rolle Clausens, dem soeben die Flucht gelungen ist.
In dem Durcheinander entkommt Clausen und er rennt einen Gang entlang. Nach kurzer Zeit trifft er auf einige Soldaten, die sich an den Seiten eines Ganges verschanzt haben und auf eine noch verschlossene Schotte zielen. Auf einmal ertönt ein Hämmern und die Schotte wird gewaltsam geöffnet. Die Soldaten eröffnen das Feuer und als sich der Staub legt, werden etwa 1,5 Meter große Monster in der Tür sichtbar. Sie feuern mit merkwürdigen Energielanzen und einige Soldaten gehen zu Boden. Clausen sammelt eine herumliegende Pistole auf und hilft, den Feind aufzuhalten. Nur wenige Soldaten überleben das Gefecht und unterhalten sich mit Clausen. Sie berichten von einem Angriff eines mysteriösen Gegners und von einem Fluchtschiff in einem Hangar. Dorthin wollen sie sich durchschlagen. Der Spieler kämpft eine kurze Strecke mit ihnen zusammen, dann müssen sie vor einer Sicherheitsschotte stoppen. Der Spieler wird beauftragt, einen nahen Schaltkasten zu demontieren, um die Verriegelung zu knacken. Als er den Schaltkasten erreicht und manipuliert hat, hört er Geschrei und Gefechtslärm von der Schotte, die er soeben geöffnet hatte. Als er zurückkehrt, sieht er einige Aliens und seine Begleiter tot auf dem Boden liegen. Er ist jetzt alleine und muss sich die letzten Meter alleine durchschlagen. Er erreicht die Fluchtfähre und flieht mit einigen anderen Überlebenden von dem Planeten.

Aber die Fähre gerät im Weltraum unter Feindbeschuss und obwohl die Verfolger abgehängt werden können, muss sie auf einem nahen Planeten notlanden. Nur Clausen überlebt diese Landung und findet sich ganz in der Nähe einer feindlichen Basis wieder. Er muss mit seinen Leuten Kontak aufnehmen, also dringt er in die feindliche Basis ein und schlägt sich bis zu einem Kommunikationsraum durch. Er erreicht über Funk das Flaggschiff der terranischen Flotte, dass sich nur einige Stunden entfernt befindet. Der Befehlshaber der Flotte weist den Spieler an, in der Basis nach Informationen zu suchen, was es mit den Übergriffen auf die AdS auf sich hat. Der Spieler muss sich wohl oder übel beugen und begibt sich ins innere der Basis, wo er einiges erfährt, mit dem er allerdings nicht viel anfangen kann. Dann holt ihn ein Landungsschiff ab und bringt zum Flaggschiff der Flotte. Hier erfährt Clausen, worum es eigentlich geht.

Als vor langer Zeit der Aufstand gegen die Janitz ausbrach, sahen diese schnell ein, dass ein Sieg alles andere als garantiert war. Sie errichteten in aller Schnelle versteckte Außenposten auf abgelegenen Planeten und evakuierten größere Mengen ihrer Leute dorthin. Dort wurden sie eingefroren und erwachten vor einigen Jahren aus ungeklärten Gründen. Sie formierten sich sofort und begannen damit, sich zu reproduzieren, um für den bevorstehenden Kampf gerüstet zu sein. Vor kurzem störte das Kolionalunternehmen aber diese Vorbereitungen und sie gingen zum Überraschungsangriff über. Noch sind es wenige und sie sind noch nicht gut organisiert, aber das kann sich schnell ändern. Um den Feind zu treffen, solange er noch relativ schwach ist, soll die größte bislang entdeckte Feindbasis angegriffen und erstürmt werden, um den Feind zu beschäftigen und Informationen zu sammeln. Der Spieler wird aufgrund seiner wichtigen Taten vorerst von den Vorwürfen freigesprochen und soll an dem bevorstehenden Angriff teil nehmen.

Der Spieler bekommt Gelegenheit, sich auf dem Schiff umzusehen und lernt dabei einige Besatzungsmitglieder näher kennen, die später noch teilweise wichtige Rollen einnehmen werden. Dann erreicht das Schiff sein Ziel und beginnt noch einem kurzen Oberflächenbormbardement mit dem Landungsmanöver. Der Spieler kommt zusammen mit einigen anderen Soldaten in ein Landungsschiff und wird gen Planet geschickt. Während des Fluges kann der Spieler durch ein Fenster das bisherige Gefecht beobachten. Er sieht, wie schweres Abwehrfeuer von der Planetenoberfläche ein Landungsboot nach dem anderen abschießt und die wenigen Männer, denen die Landung gelingt, einer hoffnungslosen Überzahl entgegenstehen. Einige hundert Meter über dem Boden wird das Landungsschiff des Spielers getroffen und stürzt ab. Als er nach wenigen Minuten wieder zu sich kommt, merkt er, dass er von seinen Leuten getrennt wurde. Über Funk meldet sich ein Offizier und teilt dem Spieler mit, dass die Lage im ganzen recht aussichtslos ist. Viele Tausend seien während der Landung gefallen, die paar Hundert, denen die Landung geglückt ist, stehen riesigen Feindmassen gegenüber. Um die Wende zu bringen, gibt der Offizier dem Spieler den Auftrag, sich mit einigen anderen Soldaten zu treffen und in eine feindliche Kontrollstation zu schleichen. Dort soll er die stationäre Verteidigung des Feindes im Kampfgebiet so umprogrammieren, dass die Geschütze auf ihre Besitzer feuern und genug Zeit gewonnen wird, einen Brückenkopf zu errichten. Als der Spieler den vereinbarten Treffpunkt erreicht, sieht er nur ein großes Einschlagsloch und einige verstreute tote Soldaten. Der Offizier meldet sich erneut und gibt, als er die schlechten Neuigkeiten erfährt, seinen Plan nicht auf. Clausen muss den Kontrollturm alleine stürmen, um eine Wende zu ermöglichen. Er macht sich also auf den Weg und trifft nach kurzer Zeit auf eine starke Abwehrbatterie, die allerdings kurz darauf zu Orbitalbeschuss ausgeschaltet wird. Der Spieler erreicht den Turm und programmiert die Verteidigung um. Die Mission ist geglückt.

In einem erneutem Gespräch mit dem Befehlshaber erfährt Clausen, dass die Landung zwar geglückt und der Feind doch noch geschlagen wurde, aber das Janitz, der alte Heimatplanet der Erobererrasse, von den Feinden stark attackiert wird und schon bald fallen wird. Aus den gesammelten Informationen geht aber noch etwas anderes hervor. Die Janitz sind auf der Suche noch drei Teilen, die überall in der Galaxie verstreut liegen. Man weiß noch nicht, wozu sie dienen, aber da die Janitz sie um jeden Preis erobern wollen, will man das natürlich verhindern. Ein Teil wurde zwar bereits gefunden und befand sich auf dem Weg zu einer sicheren Basis, der Transporter, der alleine fliegen musste, wurde aber überfallen, die Mannschaft getöet und das Schiff gekapert. Kurz darauf trafen starke feindeliche Raumstreitkräfte ein, die den Transporter jetzt nach Janitz eskortieren sollen. Ein Großangriff wäre momentan aussichtslos, also soll der Spieler an Bord geschmuggelt werden., um das Bauteil, das nur wenige Hundert Gramm schwer ist, zu entwenden.

Clausen wird durch eine kleine, getarnte Kapsel an Bord des Frachters gebracht, wo er sofort entdeckt wird. Nachdem er die Angreifer abgewehrt hat, macht er sich auf den Weg zur Rechenzentrale, um den genauen Standort des Zieles in Erfahrung zu bringen. Es gelingt ihm und er macht sich auf den Weg zum Artefakt. Als er sein Ziel fast erreicht hat, stößt Clausen auf eine verschlossene Tür. Als er gerade dabei ist, die Tür zu hacken, bemerken die Begleitschiffe den Eindringling und dass er das Bauteil fast erreicht hat. Sie eröffnen ohne Vorwarnung das Feuer auf Clausen und ihre eigenen Leute auf dem Frachter. Dann meldet sich der Offizier, den Clausen bereits während der Landung kennen gelernt hat, und weist Clausen an, das Artefakt zu vergessen und das Schiff so schnell wie möglich zu verlassen. Der Spieler flieht also vom Schiff und lässt das Bauteil zurück, in der festen Überzeugung, es werde durch die bevorstehende Explosion schon vernichtet. Die Mission endet und Clausen findet sich bei seinen eigenen Leuten wieder.